Aves bem alimentadas e com um manejo correto são mais resistentes às doenças e a melhor prevenção é feita através de vacinas, embora para algumas doenças das aves não existam vacinas, ou apesar de existirem, tornam-se inviáveis para o pequeno produtor, pois só são vendidas pelos fabricantes em grande quantidade e após serem abertas não podem ser guardadas e reaproveitadas ( como por exemplo a vacina contra a doença de Marek que só é vendida em embalagens de 500 a 1000 doses, e por ser seco- liofilizada e mantida a 100°c em bujões de nitrogênio líquido ).

São várias as doenças que atacam as aves, a maioria são doenças respiratórias.

Aspergilose é uma infecção que ataca as aves, sendo provocada por fungos. Causa alterações no aparelho respiratório ( ronqueira ), perda de apetite, enrijecimento das articulações e paralisia, diarréia, apatia, queda na produção. Confunde-se com a coriza e a bronquite infecciosa. Não há vacina, o tratamento é feito com antibióticos e pulverização periódica dos viveiros com fungicidas. A ingestão de alimentos mofados induz a formação de focos.

Bouba Aviária também conhecida como varíola Aviária, é causada por vírus, formando nódulos escuros na pele em volta dos olhos, bico, crista e barbelas. As aves apresentam dispnéia e cabeça arroxeada. Quando as aves aparecem doentes devem ser isoladas. Quando os nódulos são retirados a pele sangra e deve-se aplicar iodo glicerinado e as aves devem ser tratadas com antibióticos. A vacina é indispensável para evitar a doença, deve ser aplicada nas aves de 1 a 5 dias de idade, na membrana da asa ou na coxa após a retirada das penas.